Il CUME ha in dotazione due microscopi elettronici a trasmissione, entrambi prodotti dalla Philips Electron Optics - FEI Company
EM 400 T
Il modello EM 400 T fa parte della dotazione del CUME dal 1982. Tale strumento non è più utilizzabile dagli utenti ma è in visione per gli strudenti come strumento storico. Si tratta di uno strumento dotato di buona potenza (HT range 20-120 kV), capace di raggiungere ingrandimenti di 480.000x ed una risoluzione massima di 0,2 nm, e dotato di portacampioni a doppio tilt con goniometro eucentrico (inclinazione massima di 60°). La buona potenza della sorgente luminosa (filamento in tungsteno) consente di ottenere delle immagini di elevata qualità su lastre fotografiche formato 102 x 83 mm. L'EM 400 T è inoltre fornito di un sistema di microanalisi a raggi X (EDAX 9100) in grado di effettuare analisi quantitative dei campioni. L'EM 400 T si configura come un valido strumento in grado di far fronte alle esigenze degli studiosi sia dei settori biologici che abiologici.
EM 208
Nel 1996 all'EM 400 è stato affiancato un altro microscopio a trasmissione Philips modello 208. Si tratta di una macchina strutturalmente più semplice dell'EM 400 che garantisce, tuttavia, un'ottima possibilità di ingrandimento ed una elevata risoluzione. Una caratteristica importante è rappresentata dal fatto che le funzioni principali del microscopio sono gestite da un pc. Nel corso del 2004 è stato installato un sistema digitale di acquisizione ed elaborazione delle immagini che rappresenta un utile aggiornamento del preesistente sistema fotografico che utilizza lastre di vetro o di plastica di cm. 10 x 8.